如何預測基因組的帽子結構

Ⅰ 求助 已知真菌基因組DNA序列如何預測cDNA序列

以mRNA為模板，經反轉錄酶催化合成DNA，則此DNA序列與mRNA互補，稱為互補DNA或cDNA。提取出組織細胞的全部mRNA，在體外反轉錄成cDNA，與適當的載體常用噬菌體或質粒載體連接後轉化受體菌，則每個細菌含有一段cDNA，並能繁殖擴增，這樣包含著細胞全部mRNA信息的cDNA克隆集合稱為該組織細胞的cDNA文庫，基因組含有的基因在特定的組織細胞中只有一部分表達，而且處在不同環境條件、不同分化時期的細胞其基因表達的種類和強度也不盡相同，所以cDNA文庫具有組織細胞特異性。cDNA文庫顯然比基因組DNA文庫小得多，能夠比較容易從中篩選克隆得細胞特異表達的基因。但對真核細胞來說，從基因組DNA文庫獲得的基因與從cDNA文庫獲得的不同，基因組DNA文庫所含的是帶有含子和外顯子的基因組基因，而從cDNA文庫中獲得的是已經過剪接、去除了內含子的cDNA。

Ⅱ 如何從宏基因組序列中預測出特定的基因序列

宏基因組是指特定環境中全部生物（微生物）遺傳物質的總和。宏基因組測序是利用高通量測序技術對環境樣品中全部微生物的基因組進行測定，以獲得單個樣品的飽和數據量，可進行微生物群體的基因組成及功能注釋，微生物群體的物種分類，多樣性分析，群落結構分析，樣品間的物種或基因差異以及物種間的代謝網路研究，探索微生物與環境及宿主之間的關系，發掘和研究新的具有特定功能的基因等。與傳統方法相比，基於高通量測序的宏基因組研究無需構建克隆文庫，這避免了文庫構建過程中利用宿主菌對樣品進行克隆而引起的系統偏差，簡化了實驗操作，提高了測序效率。此外，宏基因組測序研究擺脫了微生物分離純培養的限制，擴展了微生物資源的利用空間，為環境微生物群落的研究提供了有效工具。通過宏基因組深度測序可以揭示或估計環境中真實的物種多樣性和遺傳多樣性，挖掘具有應用價值的基因資源，應用於開發新的微生物活性物質，為研究和開發新的微生物活性物質提供有力支持。

Ⅲ 用什麼方法可以預測dna序列是否可以形成莖環結構

生物信息學各個領域中的數目龐大，在EBI 1997年的分子生物學程序目錄中就收錄了530多種常用。
序列比對和資料庫搜索有BLAST，FASTA，BLITZ等；
綜合序列分析有VCctor NTI Suite，DNA Tools，Omiga，DNASIS等；
與蛋白質分析有關的程序有AnthePro，AminoXpress，DSSP等，大型分子生物學包如GCG。並行演算法、遺傳演算法、面向對象演算法等已被應用到最新的程序中。
生物研究者期望通過他們的知識，從文獻中得到的信息以及他們的經驗來對基因預測的分析數據進行解釋，由此來進行設計和實施實驗，並對他們的解釋進行確證、改進或反駁。因此，可以促進實驗設計的序列分析有明顯的優點。在如此眾多的生物面前，什麼是生物學研究者所期望的、有幫助的、高效率的序列分析？一般要求這些可以提供基因的預測、重復序列的鑒定、限制酶分析、引物設計、在線序列比對、質粒作圖、結構域（motif）查找、RNA二級結構預測、克隆策略圖譜、三維結構顯示等方面的內容；並且要求的演算法簡潔、效率高和可移植性好[3]。目前Web站點可以對基因序列提供計算前的分析，並且這些站點允許使用者到客戶機上分析自己的序列。隨著酵母基因組序列、鼠基因組序列和人類基因組序列的完成，會產生諸如模式識別和神經網路等先進的計算方法，並應用於新的中，並對生物醫學研究的深入發展發揮巨大的作用。

Ⅳ 如何預測基因組中的某類酶的數量

如何預測基因組中的某類酶的數量
不同生物（植物、動物、微生物）的基因組DNA的提取方法有所不同; 不同種類或同一種類的不同組織因其細胞結構及所含的成分不同，分離方法也有差
異。在提取某種特殊組織的DNA時必須參照文獻和經驗建立相應的提取方法, 以獲得可用的DNA大分子。尤其是組織中的多糖和酶類物質對隨後的酶切、PCR反應等有較強的抑製作用,因此用富含這類物質的材料提取基因組DNA時, 應考慮除去多糖和酚類物質。
本實驗以水稻幼苗為材料,學習基因組DNA提取的一般方法。
DNA
一、材料
水稻幼苗
二、設備
移液器，冷凍高速離心機，台式高速離心機，水浴鍋，陶瓷研缽，50ml離 心管（有蓋）及5ml和1.5ml離心管，彎成鉤狀的小玻棒。
三、試劑
1、提取緩沖液?：100mmol/L Tris?Cl, pH8.0, 20mmol/L EDTA, 500mmol/L
NaCl, 1.5% SDS。
2、提取緩沖液?：18.6g葡萄糖，6.9g二乙基二硫代碳酸鈉，6.0gPVP，240ul巰基乙醇，加水至300ml。
3、80:4:16/氯仿:戊醇:乙醇
4、 RnaseA母液：配方見第一章。
5、其它試劑：液氮、異丙醇、TE緩沖液，無水乙醇、70%乙醇、3mol/L NaAc。
四、操作步驟：
（一）水稻幼苗或其它禾木科植物基因組DNA提取
1. 在50ml離心管中加入20ml提取緩沖液?, 60?水浴預熱。
2. 水稻幼苗或葉子5-10g, 剪碎, 在研缽中加液氮磨成粉狀後立即倒入預熱
的離心管中, 劇烈搖動混勻, 60?水浴保溫30-60分鍾(時間長,DNA產量高), 不時搖動。
3. 加入20ml氯仿/戊醇/乙醇溶液, 顛倒混勻(需帶手套, 防止損傷皮膚)，室溫下靜置5-10分鍾, 使水相和有機相分層(必要時可重新混勻)。
4. 室溫下5000rpm離心5分鍾。
5. 仔細移取上清液至另一50ml離心管,加入1倍體積異丙醇,混勻,室溫下放置片刻即出現絮狀DNA沉澱。
6. 在1.5ml eppendorf中加入1ml TE。用鉤狀玻璃棒撈出DNA絮團,在干凈吸水紙上吸干,轉入含TE的離心管中,DNA很快溶解於TE。
7. 如DNA不形成絮狀沉澱,則可用5000rpm離心5分鍾, 再將沉澱移入TE管中。這樣收集的沉澱,往往難溶解於TE,可在60?水浴放置15分鍾以上，以幫助溶解。
8. 將DNA溶液3000rpm離心5分鍾, 上清液倒入干凈的5ml離心管。
9. 加入5μl RNaseA(10μg/μl), 37? 10分鍾, 除去RNA(RNA對DNA的操作、分析一般無影響，可省略該步驟）。
10. 加入1/10體積的3mol/L NaAc及2×體積的冰乙醇,混勻,-20?放置20分鍾左右,DNA形成絮狀沉澱。

Ⅳ 在NCBI上怎麼找到一個基因的外顯子和內含子

事實上，在NCBI有很多種辦法可以確定某個基因的外顯子或者內含子，當然還有UTR區域。今天我們來介紹NCBI的其中一個使用軟體Splign來在NCBI上找到一個基因的外顯子和內含子。操作步驟如下：

1.在Gene資料庫，填入基因名HNF-4，我一般的話習慣叫Symbol，每個基因都有個Symbol，即基因名。

Ⅵ 如何研究一個預測基因的功能

自上個世紀90年代中期全基因組測序技術出現後，一種新技術方法也隨著迅猛發展，這種稱為基於約束的通量分析的方法通過一系列針對基於約束的構建和模擬用途而編寫的函數進行模擬運算。

近幾年COBRA已經被用於預測細胞的功能，比如預測不同基質條件下細胞生長的能力，以及基因敲除在全基因組范圍內的影響。不少科學家們希望能了解並應用這種方法，尤其是在代謝工程，抗生素設計和酶研究方面。

全基因組范圍的代謝網路在基因組序列的基礎上，結合基因功能注釋信息，把基因編碼蛋白所催化的生化反應構建為一個代謝網路，反應了基因-蛋白質-生化反應之間的相互作用，從而有效地轉化為數學模型在計算機上進行模擬、分析，並用實驗數據加以驗證，提出假設。

這種網路能從全局的角度探索和揭示生物代謝機制提供一個有效的框架，很好地將基因型與表型的關系定量地關聯起來。目前科學家們已經構建了包括真菌、古生菌和真核生物在內的多種代謝網路。

而要進行這種構建，COBRA是一種重要的方法，這種方法是由一系列針對基於約束的構建和模擬用途而編寫的函數組成，含有可以讀取SBML或Excel格式的模型的函數，使用者不再需要自己編寫提取矩陣的程序。

在基因組規模上對細胞網路進行重建，可以建立預測性的代謝模型，不過一般這樣的研究都沒有包括蛋白的結構信息。研究人員在建模過程中，添加了蛋白的結構數據，實現了對蛋白熱穩定性的系統性研究。該模型可以預測在非最佳溫度下限制整個系統功能的蛋白，還可以確定能增強細胞耐熱能力的突變。在此基礎上，人們將有望構建更耐熱的微生物菌株用於工業生產，例如生產常用化學物質或治療性蛋白等。

研究人員模擬了來自人類病原菌支原體整個生命周期，提出了一個全細胞計算機模型，這一模型囊括了這個病原菌的所有分子組，以及相互作用，這將有助於促進細胞生物學的發展

Ⅶ 帽子結構和CpG島的關系

There is not relationship between 2.

The 5' cap is a specially altered nucleotide on the 5' end of precursor messenger RNA and some other primary RNA transcripts as found in eukaryotes and, as a special exception, caliciviruses such as noroviruses. The process of 5' capping is vital to creating mature messenger RNA, which is then able to undergo translation. Capping ensures the messenger RNA's stability while it undergoes translation in the process of protein synthesis, and is a highly regulated process that occurs in the cell nucleus.

CpG is dinucleotides on DNA which can be methylated. This methylation is regulated for promoter activity.

Ⅷ RNA的帽子結構是如何產生的

成熟的真核生物mrna，其結構的5』端都有一個m7g-ppnmn結構，該結構被稱為甲基鳥苷的帽子。鳥苷通過5』-5』焦磷酸鍵與初級轉錄物的5』端相連。當鳥苷上第7位碳原子被甲基化形成m7g-ppnmn時，此時形成的帽子被稱為「帽0」，如果附m7g-ppnmn外，這個核糖的第「2」號碳上也甲基化，形成m7g-ppnm，稱為「帽1」，如果5』末端n1和n2中的兩個核糖均甲基化，成為m7g-ppnmpnm2，稱為「帽2」。從真核生物帽子結構形成的復雜可以看出，生物進化程度越高，其帽子結構越復雜。真核生物mrna
5』端帽子結構的重要性在於它是mrna
做為翻譯起始的必要的結構，對核糖體對mrna的識別提供了信號，這種帽子結構還可能增加mrna的穩定性，保護mrna
免遭5』外切核酸酶的攻擊。

Ⅸ 如何預測和鑒定miRNA的靶基因

iRNA通常位於基因間或者內含子區域，然後由Exportin 5等轉運至細胞質，在細胞核內有RNA聚合酶Ⅱ轉錄產生具有帽子結構多聚腺苷酸尾巴的pri-miRNA，RISC作用於特異mRNA的3』UTR。Dicer將pre-miRNA切割成約22nt的雙鏈miRNA，從而抑制翻譯過程或者直接講解mRNA。在核酸酶Drosha及其輔助因子Pasha的作用下。成熟miRNA還需要與Argonaute蛋白等組裝形成RNA誘導沉默復合體（RISC），pri-miRNA被處理成70個核苷酸組成具有莖環結構的pre-miRNA，雙鏈miRNA講解形成單鏈的成熟miRNA

Ⅹ 如何用基因組學的方法定位一個突變基因

基因組(GENOME)一詞是1920年Winkles從GENes和chromosOEs鑄成的，用於描述生物的全部基因和染色體組成的概念。

1986年美國科學家Thomas Roderick提出了基因組學(Genomics)，指對所有基因進行基因組作圖(包括遺傳圖譜、物理圖譜、轉錄本圖譜)，核苷酸序列分析，基因定位和基因功能分析的一門科學。因此，基因組研究應該包括兩方面的內容:以全基因組測序為目標的結構基因組學(structural genomics)和以基因功能鑒定為目標的功能基因組學(functional

genomics)，又被稱為後基因組(postgenome)研究。

功能基因組學(Functuional genomics)又往往被稱為後基因組學(Postgenomics)，它利用結構基因組所提供的信息和產物，發展和應用新的實驗手段，通過在基因組或系統水平上全面分析基因的功能，使得生物學研究從對單一基因或蛋白質得研究轉向多個基因或蛋白質同時進行系統的研究。這是在基因組靜態的鹼基序列弄清楚之後轉入對基因組動態的生物學功能學研究。研究內容包括基因功能發現、基因表達分析及突變檢測。基因的功能包括:生物學功能，如作為蛋白質激酶對特異蛋白質進行磷酸化修飾;細胞學功能，如參與細胞間和細胞內信號傳遞途徑;發育上功能，如參與形態建成等。採用的手段包括經典的減法雜交，差示篩選，cDNA代表差異分析以及mRNA差異顯示等，但這些技術不能對基因進行全面系統的分析，新的技術應運而生，包括基因表達的系統分析(serial analysis of gene

expression,SAGE)，cDNA微陣列(cDNA microarray)，DNA 晶元(DNA chip)等。

結構基因組學是基因組學的一個重要組成部分和研究領域，是一門通過基因組作圖、核苷酸序列分析確定基因組成、基因定位的科學。

功能基因組學是利用結構基因組所提供的信息，發展和應用新的實驗手段，通過在基因組水平上全面分析基因的功能，使得生物學研究從對單一基因轉向多個基因或蛋白質的研究同時進行系統研究的科學。